بررسی تنوع ژنتیکی برخی از توده¬های محلی طالبی ایرانی با استفاده از نشانگرهای مولکولی ریزماهواره | ||
دوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی) | ||
مقاله 1، دوره 1، شماره 1، خرداد 1389، صفحه 1-8 اصل مقاله (397.15 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
نویسندگان | ||
اعظم مویدی نژاد1؛ احمد ارشادی* 2؛ جهانگیر عباس کوهپایگانی3؛ فرشاد دشتی2 | ||
1دانشجوی سابق کارشناسی ارشد گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی¬سینا، همدان | ||
2استادیار گروه علوم باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی¬سینا، همدان | ||
3استادیار پژوهش، موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، کرج | ||
چکیده | ||
در این بررسی تنوع ژنتیکی بین 41 توده محلی طالبی (Cucumis melo L.) به همراه دو رقم خربزه (Cucumis sativus L.) از طریق تنوع در توالیهای تکراری کوتاه با استفاده از 12 جفت آغازگر ریزماهواره مورد ارزیابی قرار گرفت. دی ان آی ژنومی استخراج شده از نمونههای گیاهی با این آغازگرها تکثیر و محصولات حاصل با استفاده از ژل پلی اکریل آمید واسرشته ساز الکتروفورز شدند. در هفت توده مکانهای ژنی سه یا چهار باندی مشاهده شد و احتمال میرود که این تودهها پلیپلوئید باشند. تعداد کل 98 آلل با متوسط 9/4 آلل به ازا هر ترکیب آغازگری شناسایی شدند. فواصل ژنتیکی میان ژنوتیپها از صفر تا 76/0 متغیر بود. میانگین فاصله ژنتیکی (بر حسب ضریب تشابه نی) در میان ژنوتیپ ها 219/0 بود. میانگین محتوای اطلاعات چندشکلی برای مکانهای ژنی تکثیر شده 542/0 بود. بیشترین میزان محتوای اطلاعات چند شکلی مربوط به CMCT134b و معادل 7716/0 بود، مکانهای ژنی CMTC168، CMBR43 و CMAT141 بیشترین مقدار PIC (محتوای اطلاعات چندشکلی) را بهخود اختصاص داده بودند از مکانهای ژنی با میزان PIC بالا میتوان برای بررسیهای بعدی استفاده کرد. روابط ژنتیکی بین تودههای مورد ارزیابی با استفاده از تجزیه خوشهای بهروش UPGMA بر اساس ماتریس ضرایب تشابه مورد بررسی قرار گرفت. آنالیز خوشهبندی، تودهها را به 11 گروه عمده تقسیم کرد. در دندروگرام تنوع ژنتیکی طالبیهای ایرانی در گروههایی متفاوت از رقمهای خارجی، خصوصاً فرانسوی قرار گرفتند که تایید کننده تفاوت زیاد طالبیهای ایران با آنها میباشد. بیشترین تفاوت بین ژنوتیپهای محلی داراب و آمریکایی و برابر 76 درصد بود. رابطه قابل توجهی بین تنوع ژنتیکی و جغرافیایی مشاهده نشد، با اینحال در داخل خوشهها (گروهها) و بهخصوص درگروه 2 در این زمینه ارتباطاتی دیده شد. تودههای تتراپلوئید احتمالی عمدتاً در گروه اول قرار گرفتند. نمودار دو بعدی (تجزیه به مولفههای اصلی) تطابق خوبی با دندروگرام تنوع ژنتیکی داشت. | ||
کلیدواژهها | ||
طالبی؛ نشانگرهای مولکولی؛ تنوع ژنتیکی؛ نشانگر ریزماهواره؛ آغازگر | ||
عنوان مقاله [English] | ||
Genetic Diversity Among Iranian Cantaloupe Landraces (Cucumis melo L.) Using Microsatellite Markers | ||
نویسندگان [English] | ||
Azam Moaiedi nejad1؛ Ahmad Ershadi2؛ Jahangir Abas kohpaigani3؛ Farshad Dashti2 | ||
1Former M.Sc student, Department of Biotechnology, Faculty of Agriculture, Bu-Ali Sina University, Hamedan | ||
2Assistant professor, Department of Horticultural Science, Faculty of Agriculture, Bu-Ali Sina University, Hamedan | ||
3Assistant professor, Seed and Plant Improvement Institute, Karaj | ||
چکیده [English] | ||
The genetic diversity among 43 accessions of melon (C.melo L.), 41 from Cantaloupensis group alongside two from Indorus group, was assessed by variation at simple sequence repeats marker bands using 18 pair primers. The extracted genomic DNA was amplified with 12 pair primers and PCR products were separated on a DNA sequencing gels. A total of 98 alleles were identified with an average of 4.90 alleles per primer combination. Genetic distances among the accessions ranged from 0.0 for the most similar to 0.76 for the most-diverged ones. The mean GD (Nei's coefficient) among accessions was 0.219. The average of polymorphic information contents (PIC) for the 12 melon SSR markers was 0.542. CMCT134b, CMTC168, CMBR43 and CMAT141 loci had respectively the highest PICs, which could be used for further analysis. Genetic relationships among accessions were represented by a dendrogram based on similarity coefficient matrix with UPGMA method. Cluster analysis classified the accessions into 11 major groups. Cluster analysis indicated wide range of diversity across the Iranian and foreign accessions. The most distance was detected between Mahali e Darab and Amrikaie (76%). In general, poor relation was found between geographical and genetic diversity, whereas some relations was observed in cluster 2. The tetraploid accessions were mainly placed in the group 1. Principle component analysis had a very good co-ordination with dendrogram of genetic diversity. These results suggest that the SSR markers are valuable tools for identification and diversity analysis in cantaloupensis. | ||
کلیدواژهها [English] | ||
Melon, Molecular markers, Genetic diversity, Microsatellites, Primer | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 3,213 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 4,414 |